Honing mag dan een natuurproduct zijn, toch zitten er wel eens giftige stoffen in. 
Dat kunnen residuen zijn van anti-varroamiddelen, van gewasbeschermingsmiddelen of het toxine van clostridiumbacteriën. De eventuele aanwezigheid van bacteriën, die via wateropname in de honing terecht kunnen komen, is de reden om kinderen onder de één jaar geen honing te laten eten.
De eerste jaren na de kernramp in Tsjernobyl waren de radioactieve waarden in heidehoning te hoog voor consumptie. De radioactieve isotopen bleven lang vindbaar in de strooisellaag van de heide.
Recent ontstond er bij het Alrijne ziekenhuis in Leiderdorp discussie over de PA waarde in de honing van een imker, die zijn bijen op het dak van het ziekenhuis heeft staan en deze honing verkoopt in de shop van het ziekenhuis.
PA is de afkorting van een groep stoffen, de Pyrrolizidine-alkaloiden. Deze stoffen brengen de bijen via de nectar of stuifmeel in de honing, als gevlogen wordt op specifieke drachtplanten, met PA’s in de nectar en stuifmeel.
De PA’s kunnen kankerverwekkend en giftig zijn. Bij hoge opnames is er gevaar voor acute leverschade. De bijen zelf hebben van de PA’s geen last. 
PA’s zijn terug te vinden in honing en stuifmeel van slangenkruid, koninginnekruid, Jacobs-kruiskruid en komkommerkruid. Een grenswaarde is 1 μgram inname per dag gedurende maximaal zes weken per jaar. In bepaalde honingtypen wordt de grenswaarde van 1 μgram per kg honing soms ruim overschreden. Dus het advies is om niet meer dan 1 kg honing per dag te eten. Let wel de consumptie in Nederland is gemiddeld minder dan 1 potje honing per jaar. 
In Leiderdorp staat in de omgeving van het ziekenhuis Alrijne in het najaar veel koninginnekruid in bloei. Hiervan wordt geen honing geslingerd dus er is weinig kans dat er veel PA zit in Leiderdorpse honing. 

Bron: Pyrrolizidine-alkaloiden in honing uit “Bijenhouden” februari 2012 door Kees van Hemert en Tjeerd Blacquiere.